Nascido e criado em Lamego, Francisco Pereira deu início à sua carreira de andebolista no Andebol Club de Lamego com apenas seis anos de idade e onde fez grande parte da sua formação, percorrendo os escalões desde os bambis até aos juvenis. Em 2014/15, e depois de nove anos a alinhar pelo clube do distrito de Viseu, deu-se a mudança para a cidade do Porto para a representar o Colégio Internato dos Carvalhos. A estadia foi curta uma vez que na temporada seguinte é recrutado pelo SL Benfica para jogar nos juvenis. Deu o seu contributo apenas a partir de Fevereiro intercalando entre os juvenis e juniores, fazendo apenas 8 jogos (4 em cada escalão), o suficiente para ser Campeão Nacional de Juniores. Na temporada seguinte é promovido aos seniores B e os bons desempenhos chamaram a atenção do então técnico da equipa sénior (Mariano Ortega) que o lançou pela primeira vez na equipa principal num jogo da Taça de Portugal, a 10 de Dezembro de 2016, frente ao Lagoa AC, deixando a sua marca ao apontar 3 golos. Nessa mesma temporada, sagra-se novamente Campeão Nacional de Juniores onde foi peça fundamental após marcar 87 golos nos 10 jogos da fase final. Confirmado todo o seu talento, não foi de estranhar a presença assídua nos jogos da equipa principal em 2017/18, agora sob as ordens de Carlos Resende. Na parte final da época deu novamente o seu contributo à equipa de juniores sendo novamente um dos jogadores em destaque ao apontar 71 golos na fase final, ajudando a conquistar o tri naquele escalão.

Títulos conquistados ao serviço dos Escalões de Formação do SL Benfica:

- 3 Campeonatos Nacionais de Juniores 2015/16, 2016/17 e 2017/18